Die Bayerische Kurzohrmaus wurde lange Zeit als eigene Art angesehen. In Deutschland galt sie als ausgestorben seit die letzten Tiere 1962 bei Garmisch-Partenkirchen gefangen wurden. Das Vorkommen im Tiroler Rofangebirge stellte danach das letzte bekannte Vorkommen der Bayerischen Kurzohrmaus dar bis genetische Erkenntnisse nahelegten, dass es sich bei dieser um eine Unterart der Illyrischen Kurzohrmaus M. liechtensteini handelt. Wilson et al. (2017) folgend wird die Bayerische Kurzohrmaus in diesem Artikel als Unterart der Illyrischen Kurzohrmaus behandelt.

Die Illyrische Kurzohrmaus ist dämmerungs- und nachtaktiv. Sie gräbt und nutzt auch die Gangsysteme anderer Kleinsäuger. Oberirdisch bleibt sie in der Deckung einer dichten Krautschicht.

Über die Fortpflanzungsbiologie der Illyrischen Kurzohrmaus ist nur wenig bekannt. Es wird angenommen, dass sich ihre Fortpflanzungszeit in geeigneten Klimaten über das ganze Jahr erstreckt, wobei bei ungünstigen Bedingungen Winter- und Sommerpausen auftreten können. Die durchschnittliche Wurfgröße beträgt 2,6 Tiere. Die Anzahl der Würfe scheint stark von der Jahreszeit und vom Klima abzuhängen und liegt bei mindestens 2 und durchschnittlich 3 bis 4 Würfen/Jahr. Die Populationsdichte schwankt und kann bis zu 40 Individuen pro Hektar betragen. Gegen Ende des Sommers sterben die meisten Kurzohrmäuse. Die Lebenserwartung einer illyrischen Kurzohrmaus ist mit weniger als 1 Jahr gering.

Sie ernährt sich überwiegend von saftigen Pflanzenteilen wie den Blattstielen und Blättern. Daneben frisst sie Wurzeln und Zwiebeln sowie Samen, Früchte, Pilze und Flechten. In Vorratskammern sammelt sie zudem Pflanzenknollen.

Vermutlich stellen Feldmäuse (M. arvalis) und Kurzohrmäuse (M. subterraneus) eine große Konkurrenz dar. Als Fressfeinde sind wie bei allen Feldmäusen (Microtus) vorkommende Wieselarten (Mustela sp.), der Rotfuchs (Vulpes vulpes) sowie im Verbreitungsgebiet beheimatete Eulen und Greifvögel zu nennen.

Als besonders gefährdet können die kleinen und isolierten Vorkommen im Salzburger Lungau und im Toten Gebirge betrachtet werden. Weniger akut scheint ihre Gefährdung in ihrem kroatisch-slowenischen Verbreitungsgebiet zu sein.

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