Über den Tag verteilt besitzt die Kurzohrmaus zwischen 12 bis 14 Aktivitätsphasen von 25–40 Minuten. Nur trächtige oder säugende Weibchen zeigen sich doppelt so aktiv. Im Allgemeinen ist die Anzahl der Aktivitätsphasen in der Nacht und am Tag zwar gleich, die Dauer der einzelnen Phasen ist aber in der Nacht üblicherweise länger. Bei ausreichender Vegetationsdeckung kann die Kurzohrmaus auch am Tag beobachtet werden. Weibliche Tiere entfernen sich dabei meist nur bis zu 100 m von ihrem Bau. Männliche Tiere können hingegen bis zu 400 m vom Bau entfernt angetroffen werden. Während Weibchen kleine Reviere von 250 m² besetzen und diese gegenüber gleichgeschlechtlichen Artgenossen verteidigen, nutzen Männchen ausgedehnte Aktionsräume von rund 1000 m², welche die Territorien mehrerer weiblicher Tiere überlagern. Die Reviere werden von beiden Geschlechtern regelmäßig entlang von häufig genutzten Wegen durchlaufen. Um sich bei Konkurrenz mit anderen Kleinsäugerarten behaupten zu können, bildet die Kurzohrmaus gelegentlich Familiengruppen. Diese bestehen aus bis zu 11 Tieren und setzen sich aus den Eltern und deren Jungtieren aus mehreren Würfen zusammen. Ihre Gänge verlaufen zum Teil oberflächennah bis direkt unter die Altgras- oder Laubauflage. Bei gleichmäßiger und hoher Populationsdichte entsteht dadurch ein scheinbar unauflösbares Labyrinth aus Laufwegen mit zahlreichen Eingängen, welches besonders nach der Schneeschmelze gut zu erkennen ist. Fehlt eine deckungsreiche Krautschicht so werden die Gänge tiefer angelegt, bei grobsteinigen Böden verlaufen sie zwischen den Gesteinsspalten. Befindet sich der rund 3 cm breite Zugang nicht unterhalb geschützter Strukturen wie einem Felsen, verschließt die Kurzohrmaus diesen bei ungünstiger Witterung mit Erde. Die Nestkammer liegt in 17–25 cm Tiefe unter der Oberfläche. Beim Anlegen ihres Baus schiebt sie das Erdmaterial mit der Stirn nach außen, kleine Steine und Wurzelstücke werden im Maul aus dem Gang getragen. Erweitert sie ihren Bau, nutzt sie zusätzlich alte, aufgelassene Gänge als Ablageplatz. Häufig schließt sie ihre Gänge mit Spaltöffnungen an bestehende Gangsysteme von anderen Kleinsäugern wie der Schermaus (Arvicola sp.) oder dem Maulwurf (Talpa europaea) an.

Die Fortpflanzungszeit liegt zwischen März und September. Nach einer Tragzeit von 3 Wochen kommen 1–4 Junge zur Welt, wobei in den Sommermonaten meist umfangreichere Würfe vorkommen. Die Kurzohrmaus zeigt demnach ein deutlich geringeres Fortpflanzungspotential als andere Wühlmausarten. Nach 4 Tagen können die Jungtiere hören und nach 8 Tagen besitzen sie ein plüschartiges Fell. Wenn sich nach 12–14 Tagen ihre Augen öffnen und sich das Jugendhaarkleid entwickelt hat, unternehmen sie bereits kleine Streifzüge und beginnen ihre Nahrung selbstständig zu sich zu nehmen. Das Weibchen achtet jedoch darauf, dass sie das Nest nicht zu weit verlassen. Bei Gefahr saugen sich die Jungtiere an ihren Zitzen fest und werden mitgeschleift. Nach 6–20 Tagen ist ihr Gebiss vollständig entwickelt und kurz danach sind die Jungtiere selbständig. Die Geschlechtsreife tritt nach 7–8 Wochen ein. Im Frühjahr geborene Tiere beteiligen sich dementsprechend noch im selben Jahr an der Fortpflanzung. Spät geborene Tiere hingegen verweilen meist über den Winter in ihrem juvenilen Stadium und wachsen erst im Frühjahr zu geschlechtsreifen Tieren heran. Wintervermehrung konnte nur unter besonders günstigen Umständen beobachtet werden, bei Männchen reduziert sich in den kalten Monaten auch die Hodengröße.
In den Bergen konnten Populationsdichten von bis zu 52 Individuen pro Hektar beobachtet werden.Massenvermehrungen treten bei der Kurzohrmaus nicht auf. Im Allgemeinen ist jedoch bis heute nur wenig über Populationsentwicklung und –schwankungen bekannt.

Die Kurzohrmaus ernährt sich in erster Linie pflanzlich von Blättern, Stielen, Wurzeln, Knollen und Obst. In Waldlebensräumen werden Baumsamen, Früchte der Sträucher und Pilze ebenfalls häufig verzehrt. Sie legt keine Wintervorräte an. Nur gelegentlich frisst sie zusätzlich Insekten oder Schnecken.

• Görner, M. (2009) Kleinäugige Wühlmaus (Microtus subterraneus). In Atlas der Säugetiere Thüringens. Hrsg.: M. Görner, S. 172-173. Arbeitsgruppe Artenschutz Thüringen e. V. und Landesjagdverband Thüringen e. V.: Jena.
• Jenrich, J., Löhr, P.-W., & Müller, F. (2010) Kleinsäuger: Körper- und Schädelmerkmale, Ökologie Reihe: Beiträge zur Naturkunde in Osthessen (Hrsg. Verein für Naturkunde in Osthessen e.V.). Michael Imhof Verlag: Fulda.
• Kraft, R. (2008) Mäuse und Spitzmäuse in Bayern: Verbreitung, Lebensraum, Bestandssituation. Ulmer Verlag: Stuttgart.
• Müller, J. P., Jenny, H., Lutz, M., Mühlethaler, E., & Briner, T. (2010) Die Säugetiere Graubündens: Eine Übersicht. Sammlung Bündner Naturmuseum und Desertina Verlag: Chur.
• Niethammer, J. (1972) Zur Taxonomie und Biologie der Kurzohrmaus. Bonner Zoologische Beiträge, 23, 290-309.
• Niethammer, J. (1982) Microtus subterraneus (de Sélys-Longchamps, 1836). In Handbuch der Säugetiere Europas: Nagetiere II. Hrsg.: J. Niethammer & F. Krapp, S. Aula Verlag: Wiesbaden.
• Salvioni, M. (1995) Pitymys subterraneus (de Selys-Longchamps, 1836). In Die Säugetiere der Schweiz: Verbreitung, Biologie und Ökologie. Hrsg.: J. Hausser, Band 103, S. 314-318. Birkäuser Verlag: Basel.
• Spitzenberger, F. (2001) Die Säugetierfauna Österreichs Reihe: Grüne Reihe des Bundesministeriums für Land- und Forstwirtschaft, Umwelt und Wasserwirtschaft Band 13. Austrian Medien Service: Graz.
• Marchesi, P., Blant, M., & Capt, S. (2008): Säugetiere der Schweiz-Bestimmungsschlüssel. CSCF & SGW, Neuchâtel.
• Mitchell-Jones, A. J., Amori, G., Bogdanowicz, W., Kryštufek, B., Reijnder, P. J. H., Spitzenberger, F., Stubbe, M., Thiessen, J. B. M., Vohralik, V., & Zima, J. (1999): The atlas of European Mammal. Academic Press, London.
• Grimmberger, E. (2014): Die Säugetiere Deutschlands. Quelle & Meyer, Wiebelsheim.