Aktivität und Fortbewegung: Aufgrund seiner unterirdischen Lebensweise besitzt der Maulwurf keinen Tag-Nacht-Rhythmus. Innerhalb von 24 Stunden zeigt er 3 Aktivitätsphasen (Männchen im Herbst häufig nur 2), welche zwischen 3–4 Stunden andauern. Ruhe- und Wachphasen nebeneinander lebender Tiere sind häufig synchronisiert. Während der Fortpflanzungszeit von März bis April sind Männchen oft an der Oberfläche anzutreffen. Sie kehren dann meist mehrere Tage nicht in ihr Nest zurück und schlafen in unregelmäßigen Abständen in einem ihrer Gänge. Darüber hinaus beschränkt sich die oberirdische Aktivität des Maulwurfs auf die Nahrungssuche in der Streu- und Krautschicht. Seine Grabschaufeln eignen sich auch zum Schwimmen, wodurch er sogar 5 m breite Fließgewässer in wenigen Minuten durchqueren kann.
Territoriales Verhalten und Reviergröße: Als ortstreuer Einzelgänger hält sich der Maulwurf fast ausschließlich in seinem weitverzweigten Bau auf. Die Gangsysteme mehrerer Tiere können bei hohen Dichten ineinander übergehen, werden in diesem Fall aber nicht zeitgleich genutzt. Die Reviergröße variiert mit dem Lebensraum und mit der Nahrungsverfügbarkeit. So zeigten Untersuchungen in England, dass Reviere in Laubwäldern mit einem Besatz von 200–250 Gramm Invertebraten pro Quadratmeter nur 400 m² groß waren, während sie entlang der Küsten mit 2–2,5 g/m² bis zu 5.000 m² erreichten. Das Revier der Männchen ist zur Fortpflanzung mit 7.300–7.700 m² besonders groß, aber auch sonst mit 2.700–3.400 m² größer als das der weiblichen Tiere mit 1.300–2.100 m². Die Reviere werden mit Geruchsmarkierungen abgegrenzt und aggressiv gegenüber Artgenossen verteidigt.
Orientierung: Zur Orientierung in ständiger Dunkelheit nutzt er seinen Tast- und Geruchssinn sowie sein gutes räumliches Gedächtnis. Mit Sinnesorganen an Schnauze und Rumpfende nimmt der Maulwurf feine Druckunterschiede und Luftströmungen im Gangsystem wahr, die Tasthaare am Kopf führen ihn gezielt durch die Gänge und dienen auch zum Ertasten der Beute.
Bau: Da häufig mehrere Generationen die Gänge übernehmen und diese stets erweitern, kann sich das Gangsystem bis zu 500 Meter erstrecken. Findet er keinen leerstehenden Bau, gräbt er diesen selbst oder vertreibt einen anderen Maulwurf. Oberflächliche Tunnel liegen 3–4 cm tief, Jagd- und Laufgänge reichen 10-40 cm (sehr selten bis 100 cm) unter die Erde und verlaufen durch den Wurzelhorizont. Im Winter liegen die Gänge tiefer, um frostfreie und nahrungsreiche Bodenschichten zu nutzen. Im Jahresverlauf bewegt sich die Temperatur in den Gängen zwischen -2 und +20 °C. Die Luft ist annähernd wasserdampfgesättigt.Ein Hauptnest befindet sich seitlich vom Hauptgang in einer eigenen Kammer. Um seine Fluchtmöglichkeit bei Gefahr zu erhöhen, wählt er den Standort des Nestes an einem Knotenpunkt von denen mehrere Gänge abzweigen. Es liegt entweder tief unter der Erde oder gut geschützt unter Sträucher und Steinen. Auf Flächen mit geringer Grabmöglichkeit oder mit potentieller Überflutungsgefahr sind Nester gelegentlich auch unter auffallend großen Hügeln, den Maulwurfburgen, zu finden. Während der Fortpflanzungszeit wird vom Weibchen gelegentlich ein zusätzliches Nest gebaut, um die Jungtiere bei Gefahr umsiedeln zu können. Während Jagdgänge häufig auf Sekundärhabitate liegen, sind Nestkammern meist an den anschließenden, deckungsreicheren Primärhabitaten zu finden. Das darin befindliche, runde Nest misst einen Durchmesser von 15–20 cm und besteht aus verschiedenen Pflanzenmaterialien (Blätter, Heu, Stroh). Während es innen stets mit frischen Pflanzenteilen ausgelegt wird, verrotten die äußeren Schichten, was zusätzliche Wärme produziert. Darüber hinaus wird auch häufig der Eintrag von wärmeisolierendem Kunstmaterial, wie Folienstücken und Papierabfällen, beobachtet. Neben den Laufgängen und Nestkammern legt der Maulwurf alle 2–7 Meter senkrechte Bewetterungsschächte zur Durchlüftung an. Dies ermöglicht einen stetigen Frischluftzug mit einer Geschwindigkeit zwischen etwa 2–10 cm pro Sekunde und wirkt damit dem natürlich hohen CO2 Gehalt des Bodens entgegen. Im Zuge seiner Grabaktivität wirft der Maulwurf regelmäßig Erdhügel auf. Im Unterschied zu den eher länglichen Erdhügeln der Schermäuse (Arvicola sp.) mit seitlich davon liegenden und schräg nach unten führenden Gängen befinden sich die Gänge des Maulwurfs unter den runden Hügel und führen meist senkrecht ins Erdreich. Im Gegensatz zu Nagetieren gräbt der Maulwurf mit den Vorderpfoten nicht von vorne nach hinten (körperlängsachsenparallel), sondern bewegt diese seitlich (laterad/ventrad) und schiebt so die Erde vor sich her. Die einem Schwimmstoß gleichende Bewegung ermöglicht ihm runde Gänge senkrecht nach oben anzulegen. Die Anordnung der Erdhügel ist beim Maulwurf regelmäßiger (linear) als bei der Schermaus. Neben den klassischen Maulwurfhügeln mit 10 cm Höhe und 30 cm Breite, sind nach der Schneeschmelze häufig Erdzylinder mit Lockererde an ihrer Basis zu beobachten.
Maulwurfburgen: Besonders imposant sind die bis zu 70 cm Meter hohen und 140 cm breiten Maulwurfsburgen, in denen sich ein bis mehrere (unterschiedlich alte) Nester und Vorratskammern befinden können. Diese werden angelegt, wenn der Untergrund zu felsig, die Frischluftversorgung aufgrund der Bodenbeschaffenheit schwierig und/oder der Grundwasserstand („Sumpfburgen“) zu hoch ist. Zum Schutz gegen Kälte sind diese im Winter besonders groß und auffällig („Winterburgen“).